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freesurfer 操作

皮层厚度和表面积(surface area)

——Freesurfer分析方法

预备阶段:

1打开终端,输入指令,打开tsch

tcsh

setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh

setenv TUTORIAL_DATA /media/8498B05D98B05002/DATA/fs-cyh

setenv SUBJECTS_DIR $TUTORIAL_DATA

cd $SUBJECTS_DIR

2Recon-all

recon-all \

-i <one slice in the anatomical dicom series> \

-s <subject id that you make up> \

-sd <directory to put the subject folder in> \

-all

recon-all -i 66540045 -s study -all

文件 文件夹名

配准

tkregister2 --mgz --s study1 --fstal --surf orig

查看看分割结果

tkmedit cyh brainmask.mgz -aux T1.mgz -surfs -aseg

看膨胀结果

tksurfer cyh lh inflated

在Freesurfer中,经过recon-all指令预处理,一些统计数据已经产生。他们保存在每个被试的stas/子文件夹下。有subcortical segmentation (aseg)皮层下组织分割的,还有 cortical parcellation (aparc)皮层分割的结果。

一、单被试分析

freesurfer 操作

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